《忒修斯的船》由三個看似互無關(guān)聯(lián)的獨立故事組成。
第一段，一個盲人少女攝影師，在盲人狀態(tài)時成功舉辦了個人影展而出名，卻在移植角膜恢復(fù)視力后找不到攝影的靈感。
第二段，抵制動物實驗的僧人，因為肝硬化而面臨肝移植或者死亡的選擇——而移植手術(shù)本身正是基于他所反對的動物實驗。
第三段，原本只關(guān)心錢的青年，在自己做完腎臟移植手術(shù)后無意中知道了醫(yī)院和社會上存在的腎臟交易，以及一些“偷腎”的行為。而他也因為這個意外的發(fā)現(xiàn)而開始了很多無關(guān)金錢的社會活動。
而在本片結(jié)尾處，第三個故事的主人公受邀參加了一個特殊的影片放映會——參加者都是接受過器官移植的病人，而且他們的器官來自同一個捐獻者。于是我們看到了，前兩個故事里接受角膜移植的女孩和肝臟移植的僧人也出現(xiàn)在這里。他們共同看的片子，是捐獻者本人生前拍攝的一段巖洞探險視頻，深邃的巖洞，卻如浩瀚的宇宙般神秘壯麗……
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