二戰(zhàn)期間，日軍未敢染指澳門。秘密的日葡協(xié)定使澳門在太平洋戰(zhàn)場上成為一塊難得的“飛地”，同時(shí)淪為情報(bào)匯集之地，間諜鏖兵之所。本劇所營造的澳門正是諜戰(zhàn)波詭云譎的“東方卡薩布蘭卡”，以中共建立秘密運(yùn)輸通道為主線，層層展示國共日、葡、美等各方盤錯(cuò)交織的諜戰(zhàn)網(wǎng)絡(luò)，走進(jìn)一個(gè)沒有硝煙的戰(zhàn)場，揭示一段塵封已久的“檔案”。
　　抗戰(zhàn)爆發(fā)后，曾領(lǐng)導(dǎo)過廣州起義的中國著名將領(lǐng)方天庭將軍從海外歸來途經(jīng)香港，準(zhǔn)備回國參加抗日。澳門商會會長的公子、留學(xué)海外一腔熱血報(bào)效祖國的江浩也一同前往。在日本眼里，中國只有一個(gè)軍人，那就是方天庭。他們唯恐方天庭將軍安全回到內(nèi)地指揮中國軍隊(duì)與其對抗，于是派出日本“特高課“的殺手企圖將方將軍殺死在香港。危機(jī)中，江浩將方將軍護(hù)送到了日本軍隊(duì)無法進(jìn)駐的澳門，然后再經(jīng)那里奔赴抗日前線。于是日本又派女間諜神尾悅子進(jìn)駐澳門，企圖將方天庭將軍殺死在澳門，而國民黨特工得到的指示是“如果不能說服方將軍去重慶，那么就把他殺死在澳門，絕不能讓共產(chǎn)黨得到他！”于是一場斗智斗勇、驚心動魄的較量在澳門這塊“飛地”展開了。幾經(jīng)周折，死里逃生，江浩與我澳門秘密情報(bào)人員終于安全地將方將軍護(hù)送回國。
　　這時(shí)，我中共情報(bào)機(jī)構(gòu)與國民黨情報(bào)機(jī)關(guān)幾乎同時(shí)掌握了一個(gè)重要情報(bào)，即日本政府與中立國葡萄牙政府簽署了一個(gè)決定澳門命運(yùn)的秘密協(xié)議，該協(xié)議代號為“菊花檔案”。為利用澳門這塊具有特殊意義的地區(qū)開展對敵斗爭，無論是中共“特科”，還是國民黨情報(bào)機(jī)關(guān)，都想得到“菊花檔案”的副本。為此，中共又聯(lián)手江浩，與江浩的戀人、潛伏于國民黨特工組織的中共間諜林娜等人打入澳門上流社會，國民黨情報(bào)機(jī)關(guān)也派出自己最優(yōu)秀的諜報(bào)員石磊到澳門，而他們的對手還是日本間諜神尾悅子。幾經(jīng)生死，江浩等人又搶在石磊之前潛入澳督府拍下了“菊花檔案”的膠片，并發(fā)現(xiàn)了一個(gè)驚天機(jī)密-----由于日本有10萬僑民居住在南美的(葡屬)巴西，日本政府擔(dān)心自己的僑民受到葡萄牙政府的迫害，于是同葡萄牙政府簽屬了一個(gè)秘密協(xié)議----戰(zhàn)爭爆發(fā)后，日本即使占領(lǐng)了整個(gè)亞洲，也絕不派一兵一卒進(jìn)駐(葡屬)中國澳門，否則葡萄牙政府將把居住在巴西的10萬日本僑民全部關(guān)進(jìn)集中營。也就是說，澳門將成為戰(zhàn)爭時(shí)期亞洲唯一的一塊不可能被日本帝國主義占領(lǐng)的凈土。中共“特科”掌握了“菊花檔案”的秘密后，便利用澳門這塊具有特殊意義的地區(qū)開展了一系列愛國抗日活動：香港淪陷，日軍大肆搜捕此前從上海轉(zhuǎn)移到香港的數(shù)百名中國文化藝術(shù)界的名人與社會名流。大敵當(dāng)前，江浩又不顧個(gè)人安危，只身前往香港擔(dān)負(fù)起營救“香港800名人志士”的任務(wù)，這時(shí)離開了澳門的日本間諜，為報(bào)在澳門被江家勢力所牽制之仇，開始在香港大開殺戒，要將江浩殺死在香港。江浩在中共黨組織的鼎力協(xié)助下，從水路將其中的一部份文化名人幾經(jīng)周折、歷經(jīng)風(fēng)險(xiǎn)、化險(xiǎn)為吏，最后安全送到了澳門，使包括眾多名人志士免遭日軍的屠殺。
　　此后，江浩又利用自己澳門商會會長兒子和澳督好朋友的特殊身份，一邊與日本特工周旋，一邊又將“澳門王”元深及澳門中華商會的愛國人士蘇子玉等團(tuán)結(jié)在自己身邊，使風(fēng)雨飄搖中的澳門度過一個(gè)又一個(gè)難關(guān)，這其中包括“關(guān)閘事件”、“澳門幣危機(jī)”等等，為60年后的澳門回歸祖國奠定了基礎(chǔ)?？梢钥隙ǖ卣f，如果沒有當(dāng)年江浩、林娜以及蘇子玉、元深等人的努力，澳門的現(xiàn)代史將是另一個(gè)樣子。