故事以TV版為基礎，戰(zhàn)斗所剩下的騎士只有六人：城戶真司(龍騎)、秋山蓮(夜騎)、北岡秀一(鋼兵),淺倉威(王蛇),霧島美穗(FEMME)和神秘的龍牙RYUGA。霧島美穗成為 騎士的目的是要殺死淺倉為姊姊報仇，并令姊姊復活。而北岡正是幫淺倉脫去殺人罪的律師，他因內(nèi)疚而多次幫助美穗，可惜美穗并不接受，令他意興闌珊的退出 騎士之間的戰(zhàn)斗。為了報仇的美穗不理真司的阻止，仍多次與淺倉戰(zhàn)斗，卻反而令自己陷入危機，當淺倉向美穗下毒手時，龍牙突然出現(xiàn)解救美穗，并以強大的力量將王蛇壓倒 ，令美穗成功殺死淺倉。由於美穗以為是真司救了她，便相約他出來吃東西希望報答他，而真司和美穗的感情亦得以發(fā)展，可惜這個美好時刻卻被邪惡的 龍牙破壞。鏡世界中的真司(RYUGA)假冒真正的真司襲擊美穗，美穗於是與龍牙戰(zhàn)斗但不敵，雖然美穗被真司所救，但最後因傷重而死…。
　　另一方面取回小時候的記憶的優(yōu)衣，知道神崎士郎發(fā)動戰(zhàn)斗的目的是為了自己(詳情請看TV版劇情簡介的部份)，於是她決定以自殺來阻止神崎士郎的瘋狂行為 。另外真司亦知道自己是小時候間接害死優(yōu)衣的人，令他感到非常內(nèi)疚。此時鏡世界中的真司出現(xiàn)，并欺騙真司說和他合體可拯救優(yōu)衣，合體後的齜牙以最強Rider的身份向 放夜騎作出挑戰(zhàn)。
　　得悉優(yōu)衣已死的神崎士郎受不了打擊，在痛哭嚎叫下消失了，鏡世界中的成千上萬蜻蜓怪因而失控，飛到現(xiàn)實世界襲擊人類。戰(zhàn)斗中的夜騎與龍牙終於發(fā)現(xiàn)優(yōu)衣的屍體 ，在這個沖擊下真司竟從龍牙的身體中分裂出來，并和龍牙作宿命決戰(zhàn)。
　　最後真司和蓮變身成SURVIVE形態(tài)，騎著契約獸飛向成千上萬的蜻蜓怪，與它們作最後決戰(zhàn)，走向未知的未來…。