繼續(xù)延續(xù)上一季的劇情，原來穆德受了騙，及時發(fā)覺錯誤后和史考莉串通好來騙政府高層，以潛入一個“作為一個普通FBI特別探員不該進入的地方”搜集需要的資料。本季發(fā)展越來越精彩，一些沒有被完全改造的混血外星人聯(lián)合起來抵抗殖民陰謀。史考莉被綁架時子宮被移除，但今年卻出現(xiàn)了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小組甚至找了兩位知名科幻小說家操筆，客串寫出兩集劇本。另外今年也有一集喜劇。整出X檔案為了配合電影的上映，加入了一些角色及內(nèi)容，“辛迪加”組織的陰謀越來越明顯，穆德再一次接近事實的真相。穆德前女友的出現(xiàn)也對穆德與史考莉間的關(guān)系做出重大考驗。該季結(jié)束于吸煙人燒毀了所有X檔案卷宗。
凱瑟琳·哈恩 薩拉·皮金 梅里特·韋弗 約翰尼·貝希托爾德 伊麗莎白·辛克勒 麥可拉·沃金絲 Julien Marlon Samani Aneasa Yacoub Shannan Leigh Reeve Kevin Michael Brown Quentin Plair Melanie Hutsell Ian Owens 拉塞爾·霍奇金森 Tanzyn Crawford 塔莎·埃姆斯 Owen Painter 喬納森·斯坦利 蒂胡納·里克斯
丹尼·麥克布萊德 約翰·浩克斯 凱蒂·米克松 安德魯·達利 珍妮弗·厄文 西爾維婭·杰弗里斯 Ben Best 史蒂夫·李特 波·米切爾 威爾·法瑞爾 克雷格·羅賓森 Ethan Alexander McGee
梅麗莎·麥卡西 本·法爾科內(nèi) Denise Roberts 萊絲莉·比伯 凱文·杜恩 林恩·吉爾馬丁 烏斯曼·阿利 戈蘭·D·克魯特 克里斯·桑迪福德 Emma Kate Lawrence 安娜·斯科特尼 Jane Larkin Yure Covich Rahel Romahn Elke Hinrichsen 史蒂夫·馬洛 Yanic Truesdale
辛克萊爾·丹尼爾 艾什莉·默瑞 Karina Willis Kate Owens 艾麗西亞·奧奇瑟 亨特·帕瑞施 艾瑞克·麥柯馬克 Brittany Adebumola 貝拉米·揚 嘉絲莉·畢薇斯 Cassi Maddox 布萊恩·鮑姆加特納 Amber Reign Smith Briana Starks Iris Liu Sarah Hudson 澤勒·阿芙拉多普洛絲 喬納森·巴倫 蘭斯頓·柯曼
Luc De Ruelle Zouzou Ben Chikha Souad Boukhatem 馬克·卡夫邁爾 Aimé Claeys Bart Claeys Mieke De Groote 若斯·德波夫 Piet De Praitere Lore Dejonckheere Werner Gielis Peter Gorissen Veerle Malschaert Emin Mektepli 瑪艾可·紐維爾 Anne-Mieke Ruyten 伊莎貝爾·范·赫克 烏瓦曼古·科內(nèi)利斯 尼爾·德·卡斯德 提