第二季的故事將從上一季最后一集的情節(jié)拉開帷幕。
警視廳搜查一科“特別犯罪對策室”被迫解散，室長大澤繪里子（天海佑希 飾）引咎辭職，準(zhǔn)備從成田機(jī)場出發(fā)回去美國，可是就在機(jī)場等待時(shí)她接到了野立信次郎（竹野內(nèi)豐 飾）的電話。警界高官黑原健蔵將成為反政府組織“黑月”的下一個(gè)狙擊目標(biāo)，而“黑月”重要成員高倉龍平在護(hù)送中逃脫。雖然繪里子和對策室各成員紛紛趕往現(xiàn)場，但黑原依然中彈，而犯人逃脫。身負(fù)重傷的黑原被迫辭職，為了承擔(dān)責(zé)任，對策室再度解散，繪里子去了美國。兩年后，當(dāng)上參事官的野立以接手某個(gè)重要案件為契機(jī)，使得對策室再度復(fù)活。
木元真實(shí)（戶田惠梨香 飾），片桐琢磨(玉山鐵二 飾) ，花形一平(溝端淳平 飾) ， 山村啟輔(溫水洋一 飾) 和巖井善治(小林友治 飾) ，這一班烏合之眾是否還能再次聚首，為繪里子和對策室效力？而野立這一次是否依然可以說服繪里子擔(dān)任室長一職？
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