SIDE6沉浸在一片安宜祥和的氣氛中，這里遠離戰(zhàn)場，幾乎從未發(fā)生過什么戰(zhàn)事，駐守在這兒的聯(lián)邦軍的部隊也并不多，這一點，并不使少年阿魯高興，因為他是一個軍事迷，渴望看一下激烈的戰(zhàn)斗場面。一日阿魯正與朋友們交流時，殖民地內(nèi)發(fā)生了騷動，這是由吉恩的小股偵察部隊與聯(lián)邦發(fā)生的沖突所引致，不久，一架受了傷的扎克（改），掠過阿魯?shù)纳峡?，墜落在離他不遠的林間草坪上。
　　被擊落的吉恩新兵巴尼，用自己的軍銜章?lián)Q取了阿魯?shù)臄z影機磁卡，這里面記錄有阿魯從聯(lián)邦的工廠里到的MS組裝畫面。此外，還有幾日前從地球搬來的阿魯家的鄰居紅發(fā)女郎克麗絲的倩影。巴尼獲取的情報，引起了吉恩軍的注意，他們立即組建了一支突擊小隊，執(zhí)行破壞高達的任務。于是，巴尼所在的小隊，依靠一場小規(guī)模的戰(zhàn)斗的混亂，再度潛入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次與阿魯相遇。
　　理想成為MS駕駛員的少年阿魯，自愿為吉恩突擊小隊偵察聯(lián)邦軍的秘密基地的位置，并與監(jiān)視他的青年巴尼成為了好友。一日，巴尼在阿魯?shù)拇跋屡c克麗絲邂逅，這為巴尼的監(jiān)視任務帶來一分情趣。同時，在突擊小隊的秘密倉庫中，對高達用新型MS--坎普瑪正在組裝中，計劃在圣誕節(jié)前，完成破壞阿歷克斯的任務。一切準備工作完成后，破壞高達作戰(zhàn)展開，由吉恩老兵駕駛的坎普瑪，將駐守的聯(lián)邦部隊打得落花流水，并與突擊小隊配合，很快到達了停放阿歷克斯的秘密工廠，阿歷克斯NT-1倉促應戰(zhàn)，并以性能的優(yōu)勢將坎普瑪擊敗。至此，吉恩突擊小隊作戰(zhàn)失敗，小隊除巴尼以外全員戰(zhàn)死。
　　吉恩突擊小隊作戰(zhàn)失敗后，小隊唯一幸存者巴尼接到了立即撤離SIDE6的指示。因為吉恩軍沒有機會再組織力量破壞高達，于是他們打算圣誕夜之前，用核彈摧毀整個宇宙殖民地。巴尼得知消息后，要求阿魯立即通知家人與克麗絲盡早離開殖民地，但遭到阿魯?shù)姆磳?。阿魯希望自己心中的?yōu)秀駕駛員巴尼，能擊潰阿歷克斯挽救殖民地的命運，于是巴尼只得一個獨自離開。
　　警方無法相信阿魯?shù)膱缶?，置之不理。同時，吉恩軍搭載核彈頭的攻擊艦已駛離母艦。阿魯面對朋友與家人幾欲絕望，此刻在機場，巴尼正猶豫不決，最終，他下定決心，為了阿魯與心愛的克麗絲，以及殖民地的人們，向阿歷克斯發(fā)出最后的挑戰(zhàn)。在阿魯?shù)膮f(xié)助下，他修復了初次襲擊SIDE6時被擊落的扎克，用唯一的武器--能量斧對NT-1發(fā)起了攻擊。與此同時，阿魯從父親的口中得知了吉恩軍將于數(shù)日后簽定終戰(zhàn)協(xié)議，他飛奔著跑向巴尼戰(zhàn)斗的地方，但在他面前支離破碎的NT-1的光束劍，已刺穿了扎克的座艙。而救護人員從NT-1的座艙中搶救出的聯(lián)邦駕駛員那一頭秀麗的紅發(fā)，更使阿魯呆然……