故事發(fā)生在一所名叫第3新東京世立NERV學(xué)園中，校長是嚴(yán)肅又寡言的碇原度（立木文彥 配音）。作為校長的兒子，碇真嗣（緒方惠美 配音）感到壓力很大。于此同時，來自外國的紅發(fā)轉(zhuǎn)學(xué)生明日香（宮村優(yōu)子 配音），分裂成三個、以姐妹的形式出場的凌波麗（林原惠美 配音）都給碇真嗣的學(xué)校生活帶來了翻天覆地的變化。此外，在原作中高大帥氣的初號機(jī)，也將以嬌小可愛的形象，作為學(xué)院的一份子出現(xiàn)在動畫中。
動畫以《新世界福音戰(zhàn)士》中的角色為原型，一改原作沉重嚴(yán)肅的氣氛，描述了輕松愉快的校園生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以實(shí)景背景和2D拼接，造就了多元化的繪畫風(fēng)格。
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