1999 年，為了使人進(jìn)化為“完美的個(gè)體”，由NEO（Next Environment Organization）領(lǐng)導(dǎo)并開始實(shí)行BESTMAN計(jì)劃，但是結(jié)果是失敗了。試驗(yàn)將尊者ヤクスギ進(jìn)化成了擁有無(wú)限再生能力的カンケル（Cancer）。不僅如此，作為整個(gè)人類社會(huì)的敵人，カンケル的目的就是消滅整個(gè)人類，但是首先他就必須要消滅一直保護(hù)著人類的共生免疫體——ベターマン（Betterman）。而當(dāng)時(shí)在場(chǎng)的其他幾位幸存著則把カンケル存在的消息以一種蛋白質(zhì)的形式傳播出去，并引起人類自毀滅的DNA程式，它所造成的離奇疾病就是アルジャーノン，而這種疾病的目的就是召喚出人類的免役體ベターマン。時(shí)間前進(jìn)到2006年，在這期間，NEO直屬機(jī)構(gòu)モーディワープ（Mode Warp）一直致力于アルジャーノン病的研究，在一次游樂園的大規(guī)模殺人事件調(diào)查中，原ヘッドダイバー（Head Diver）カクタス因アルジャーノン突然發(fā)作而被失控的游樂園機(jī)器人殺死。關(guān)鍵時(shí)刻，17歲的高中生蒼斧蛍汰在一次不是意外的意外中坐上了覚醒人1號(hào)，并打敗了由一團(tuán)電線構(gòu)成的機(jī)器人豆の木ドラゴン，但是在巨型チカちゃん出現(xiàn)后，覚醒人卻因?yàn)楗辚螗`ジェル（Linker Gel）的使用到達(dá)限界而停止了活動(dòng)。就在蛍汰和火乃紀(jì)的生命處于最危急的時(shí)刻，ベターマン出現(xiàn)打倒了敵人……事件后蛍汰加入了モーディワープ，駕駛覚醒人調(diào)查各種奇怪事件，不時(shí)的遭遇了各種奇怪的不明生物（UMA），機(jī)器人和一些超能力者。在逐步的調(diào)查中，漸漸的發(fā)現(xiàn)NEO直屬的BPL（Biotechnology Provisions Laboratory），(株)超人同盟甚至モーディワープ本身都是“元兇之力”的一部分，事情的真相也逐漸被揭示了出來(lái)。最后，一場(chǎng)決定所有生命命運(yùn)的決戰(zhàn)在水與火的原始生命誕生場(chǎng)地展開了……（From：機(jī)戰(zhàn)世界）