17年前，一名少女從外太空而來，手上拿著傳動(dòng)指揮器，并暈到在海灘上。同時(shí)， 機(jī)獸帝國加魯法亦從宇宙飛來，威脅地球的安全。17年後的一日，剛搬來星見町的小五學(xué)生草剃北斗偶然下認(rèn)識(shí)了熟練功夫的出云銀河， 碰巧有一大群加魯法機(jī)械獸，從月球的螺旋城飛來。兩人在逃亡中，突然遇到秘密組織GEAR的傳動(dòng)戰(zhàn)士電童， 電童與他們產(chǎn)生了感應(yīng)，并揀選了他們成為駕駛員，在原先的駕駛員維嘉指導(dǎo)下， 他們成功戰(zhàn)勝了加魯法機(jī)械獸，從此亦兼負(fù)上守護(hù)地球的責(zé)任。另一部由加魯法本星直接侵襲地球的黑色傳動(dòng)戰(zhàn)士凰牙突然來襲，由阿魯提亞駕駛著， 要儲(chǔ)存數(shù)據(jù)武器，很好維嘉及時(shí)阻止，但凰牙將電童帶上月球螺旋城。銀河和北斗好不容易才脫險(xiǎn)， 在維嘉協(xié)助下取回電童，幸好數(shù)據(jù)武器獨(dú)角金鉆獸出現(xiàn)，北斗儲(chǔ)存了它，并安裝于電童上，成功打敗凰牙。從美國而來的女子艾利絲，轉(zhuǎn)校到兩人的學(xué)校，同時(shí)銀河亦取得環(huán)型獅子，回到GEAR總部時(shí)， 知道艾利絲是大學(xué)畢業(yè)，負(fù)責(zé)分析數(shù)據(jù)武器的研究人員。艾利絲不慎弄失了兩只武器，使電童陷入險(xiǎn)境， 幸好終於想出辦法，引出所有數(shù)據(jù)武器，北斗、銀河和阿魯提亞，都分別儲(chǔ)存了它們。阿魯提亞知道電童最大的弱點(diǎn)， 就是使用完終極攻擊後，會(huì)消耗所有電力，并將電童擊敗。幸好GEAR發(fā)明了替電童更換電池的電池戰(zhàn)士， 由吉良國進(jìn)駕駛，能夠在作戰(zhàn)中更換電童的電池，使電童戰(zhàn)勝了凰牙。六件數(shù)據(jù)武器一旦與擁有它們的人建立了契約，就不會(huì)被其他人搶走，但是數(shù)據(jù)武器會(huì)選擇合適的人。 北斗的獨(dú)角金鉆獸需要的是「信賴」、閃光火龍需要的是「愛」，銀河的環(huán)型獅子需要的是「勇氣」、 機(jī)槍野豬需要的是「創(chuàng)造」，而落入阿魯提亞的音速鞭蛇需要的是「自信」、狂暴公牛需要的是「智慧」。加魯法王的寵物拉可來襲地球，并令獨(dú)角金鉆獸和環(huán)型獅子中了病毒，為了解毒，銀河和北斗上了月球?qū)ふ依桑?可是仍然來不及，正當(dāng)兩只數(shù)據(jù)武器消失之際，突然來了一鼓新的力量，獨(dú)角金鉆獸和環(huán)型獅子合體成為超獸王輝刃， 并將拉可消滅。阿魯提亞駕駛的騎士凰牙再度來襲，并捉走了自己的妹妹維嘉，維嘉亦知道阿魯提亞被消去了記憶。這時(shí)北斗也知道自己的母親草剃織繪， 就是GEAR副司令維嘉。阿魯提亞知道了這一點(diǎn)，使北斗和銀河失去斗志，并解除與數(shù)據(jù)武器的契約，令所有數(shù)據(jù)武器都落在阿魯提亞手上。 阿魯提亞在古爾梅的攻擊下回復(fù)記憶，協(xié)助電童戰(zhàn)斗，戰(zhàn)勝了古爾梅。螺旋城亦撞向地球，要把地球毀滅， 北斗和銀河分別駕駛凰牙和電童阻止，并粉碎了螺旋城。加魯法王的「兒子」スバル來到地球，派出機(jī)械戰(zhàn)士，并分開電童和凰牙，機(jī)械戰(zhàn)士被消滅後， 北斗及凰牙卻被スバル捉去。スバル為北斗洗腦，令他駕駛著凰牙對付電童，就像以前的阿魯提亞。 銀河知道只有他才能令北斗正常，決心打贏他，北斗亦在戰(zhàn)斗中回復(fù)記憶。スバル的手下謝羅派出兩只機(jī)械獸對付凰牙，這時(shí)ZERO令スバル的機(jī)械獸爆炸，想炸死スバル和北斗， 幸好銀河的電童及時(shí)救了他們。其後スバル知道自己一直都被利用，於是決定協(xié)助北斗他們，對付加魯法。 加魯法要消滅地球，眾人主動(dòng)上宇宙，與加魯法展開最後一戰(zhàn)。