自西元20XX年，人類從肯亞圖爾卡納湖的湖畔挖出了一個(gè)名叫索哈爾(Zohar)的物體之后，便開始對(duì)它進(jìn)行研究，后來(lái)有人重建出來(lái)所謂的“神之語(yǔ)言”，并建立電腦程式以啟動(dòng)原始索哈爾，進(jìn)行和上位領(lǐng)域的U-DO(上位領(lǐng)域當(dāng)中的紅色波動(dòng)存在)連結(jié)的連結(jié)實(shí)驗(yàn)，但很不幸地，從上位領(lǐng)域流入下位領(lǐng)域的能量造成了事象變移，使地球(游戲中所謂的“失落耶路撒冷”)幾乎完從從宇宙中“消失”，人類因而被迫逃亡，離開地球。
　　到了四千年多后，在故事開始前十五的T.C.4753年，米爾奇亞行星(Miltia)爆發(fā)了所謂的米爾奇亞沖突事件，在此次事件當(dāng)中，米爾奇亞行星的人類疑似遭到了格諾西斯(Gnosis)的攻擊，并在沖突事件后消失，但事件的真相卻因?yàn)槊谞柶鎭喌南Ф粸槿酥?。在事件后，啟?dòng)原始索哈爾（后來(lái)人類制造出了十二具索哈爾模擬體，因此原有的索哈爾就被稱之為原始索哈爾）所需的神之語(yǔ)言、原始索哈爾的研究成果、米爾奇亞的U.M.N.座標(biāo)等事物，都被封存在Y資料當(dāng)中，而Y資料又被封存在百式觀測(cè)用合成人(Relian)M.O.M.O.的意識(shí)內(nèi)，然而這么做卻引起了各方勢(shì)力對(duì)M.O.M.O.的爭(zhēng)奪，因此星團(tuán)聯(lián)邦政府(游戲中統(tǒng)治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一個(gè)名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保護(hù)M.O.M.O.的安全。
　　另一方面，在米爾奇亞沖突事件結(jié)束后的十幾年，也就是大約在游戲EPI開始的時(shí)候，當(dāng)時(shí)最大的企業(yè)貝克達(dá)公司以對(duì)抗格諾西斯侵?jǐn)_的名義，進(jìn)行對(duì)格諾西斯用戰(zhàn)斗兵器KOS-MOS的開發(fā)計(jì)劃，但和當(dāng)時(shí)多使用合成人(Relian)與生化人(Cyborg)的情況所不同的是，KOS-MOS是個(gè)純粹的機(jī)械制品。另一方面，在EPI開始時(shí)，參與KOS-MOS開發(fā)計(jì)劃的貝克達(dá)公司第一開發(fā)局研究人員卯月紫苑，正乘著當(dāng)時(shí)載有還沒(méi)正式啟動(dòng)的KOS-MOS的Woglinde號(hào)太空船進(jìn)行旅途。但沒(méi)想到其太空船卻被沖著索哈爾而來(lái)的格諾西斯所攻擊，而KOS-MOS也在此時(shí)突然啟動(dòng)，卯月紫苑因而被卷入一連串和格諾西斯及索哈爾有關(guān)的陰謀，以及會(huì)改變?nèi)祟惷\(yùn)的事件當(dāng)中……